Accompagnés des géants, les détraqueurs sèment de plus en plus le chaos à travers le pays, tant chez les moldus que chez les sorciers. Harry, sous le choc de la mort de son parrain Sirius, ne reste que 15 jours chez les Dursley; en effet, Dumbledore vient le chercher pour qu'il l'aide à convaincre Slughorn, un ancien professeur de potions et directeur de la maison de Serpentard, de reprendre son poste d'enseignant à Poudlard. Slughorn, qui se cache car les Mangemorts le recherchent, est un peu vaniteux et aime s'entourer de personnes célèbres : il ne résiste pas à la tentation d'avoir Harry comme élève et accepte donc la proposition. Harry est ensuite amené chez les Weasley pour y finir ses vacances.
Rufus Scrimgeour a remplacé Cornelius Fudge au poste de Ministre de la Magie, et veut tenter de montrer qu'il combat efficacement le Seigneur des Ténèbres en cherchant à se procurer le soutien officiel de Harry Potter et en arrêtant de gens comme Stan l'assistant de Ern le chauffeur du Magicobus, en le faisant passer pour un mangemort. Pendant ce temps, la mère de Drago Malefoy réussit à convaincre Rogue d'aider son fils à accomplir la mission mystérieuse confiée à Drago par Voldemort et donc Rogue accepte de faire le serment Inviolable avec Narsissa la mère de Malfoy. Lors de courses au Chemin de Traverse, Harry, Ron et Hermione surprennent Drago passant commande d'une chose inconnue et évoquant quelque chose qu'il doit remettre en état auprès de Barjaw et Beurk dans l'allée des Embrumes qui est dédiée à la magie noire. Pour convaincre Barjaw, Drago lui montre quelque chose et lui dit que Greyback viendrait lui rendre visite pour voir s'il accomplit la tâche que Malfoy lui a confiée. Harry pense que Drago est devenu un Mangemort, mais ses amis n'en sont pas vraiment convaincus. A Poudlard, les élèves découvrent que Slughorn n'a pas été embauché pour enseigner la Défense contre les Forces du Mal, mais les cours de Potions. C'est donc Rogue qui récupère le poste qu'il convoitait tant depuis de longue années. Harry, qui n'avait pas prévu de continuer les cours de potions, récupère le vieux livre du « Prince de Sang-Mêlé ». Les annotations du prince lui permettent de devenir le premier de sa classe en potions et le chouchou de Slughorn, au grand regret d'Hermione, les potions deviennent la matière préférée de Harry. D'autres annotations suggèrent que le "Prince" a inventé des sortilèges comme levicorpus que Harry avait vu exercer par son père sur Rogue. Il pense alors que le "Prince" est son père.
Harry rejoint régulièrement Dumbledore qui plonge avec lui dans la Pensine pour lui montrer certaines bribes du passé de Voldemort. Dumbledore révèle à Harry l'existence d'une terrible forme de magie : les Horcruxes, objets ou créatures dans lesquelles Voldemort a enfermé une partie de son âme; s'il est tué, il peut continuer à vivre grâce à un de ses Horcruxes. Dumbledore en a découvert au moins deux, qui sont déjà détruits : le journal intime de Tom Jédusor au coeur du drame de la Chambre des Secrets, et une bague que Dumbledore porte maintenant au doigt mais qui lui a infligé une grave blessure dont il ne se remet pas.
Harry découvre ses sentiments pour Ginny, laquelle a pourtant déjà un petit ami, Dean Thomas. Ron, piqué au vif par une réflexion de sa soeur sur son inexpérience amoureuse, sort avec Lavande Brown, relation qu'il va bientôt regretter car Lavande le suit partout. Il se fâche aussi pendant un temps avec Hermione, blessée de la relation de Ron avec Lavande.
Harry constate que Malefoy semble malade : il suppose avec justesse que sa faiblesse a un rapport avec la mission que lui a confié Voldemort. Harry tente de découvrir ce que mijote Malefoy mais n'y parvient pas. Plus étrange, lorsqu'il utilise la Carte du Maraudeur, il constate à plusieurs reprises l'inexplicable absence de Drago du château... Grâce à Dobby et Kreattur, il apprend finalement que Drago est dans la Salle-sur-Demande, mais ne parvient pas à y entrer.
Alors que Harry sort enfin avec Ginny, Dumbledore le sollicite pour partir à la recherche du troisième Horcruxe, le médaillon de Serpentard dans la grotte ou Tom Jedusor avait un jour emmené 2 de ses camarades de son orphelinat. Dumbledore sort de cette aventure très affaibli. À leur retour à Poudlard, ils découvrent au dessus de l'école la marque des ténèbres. Pour rentrer à Poudlard le plus vite possible, ils empruntent des balais à Mrs Rosmerta qui est soumise au sortilège de l'Imperium. Arrivés à Poudlard, ils découvrent que l'école a été prise d'assaut par des Mangemorts. Drago Malefoy, dont la mission était de faire entrer les Mangemorts dans Poudlard (il avait découvert une faille dans la protection du chateau et utilisait la Salle-sur-Demande à cet effet, et empruntait l'armoire à disparaître de chez Barjaw et Beurk) et de se débarrasser du directeur de l'école, tente de tuer Dumbledore, mais n'en a pas le courage. Finalement, Rogue tue le directeur sous les yeux impuissants de Harry, caché sous sa cape d'invisibilité et immobilisé par un sortilège que lui a jeté Dumbledore pour le protéger. C'est en s'enfuyant avec Drago Malefoy que Rogue révèle à Harry qu'il est le Prince de Sang-Mêlé.
Harry découvre que le médaillon rapporté par Dumbledore n'est qu'une réplique, déposée par le mystérieux R. A. B.. Après l'enterrement de Dumbledore, Harry prend la décision de ne pas revenir à Poudlard, et de partir à la recherche des autres Horcruxes. Il rompt avec Ginny, ne voulant pas la mettre en danger, mais est heureux de bénéficier du soutien de ses amis. Ginny lui apprend qu'elle n'a en fait jamais cessé de l'aimer et qu'elle a fait semblant de renoncer à lui sur les conseils d'Hermione pour qu'il la remarque.
