L'été traîne en longueur pour Harry. Il guette tous les jours les infos des moldus, mais Voldemort semble pour l'instant se tenir tranquille... Quant à ses amis, Ron et Hermione, ils ne lui écrivent que des lettres très creuses, lui enjoignant surtout de rester chez lui ! Mais un soir, tout se gâte. Deux Détraqueurs l'attaquent, lui et son cousin Dudley Dursley. Harry réussit à les faire fuir grâce à son patronus en forme de cerf, mais il reçoit aussitôt un hibou du Ministère de la Magie : il est expulsé de Poudlard pour avoir pratiqué la magie hors de Poudlard, et en présence d'un Moldu ! En effet, Cornélius Fudge, le ministre de la Magie, refuse catégoriquement de reconnaître que Vous-Savez-Qui est de retour. Il orchestre dans la Gazette du Sorcier une campagne visant à discréditer Harry, le seul témoin du retour de Voldemort (en dehors des Mangemorts), et Dumbledore... Et de toute évidence, il réussit ! La pire des années s'annonce pour Harry !
Une nuit, Harry Potter est conduit en balai à l'Ordre du Phénix qui se trouve au 12, Square Grimmaurd. Cet Ordre secret a comme but de mettre Voldemort hors d'état de nuire. Harry rencontre Tonks et Shacklebolt, deux Aurors acquis à la cause de l'Ordre. Harry découvre que ses amis Ron et Hermione l'attendent dans la maison de son parrain Sirius Black, où se réunissent les membres de l'ordre. Harry y apprend que Voldemort essaie de s'emparer d'une "arme" mystérieuse, mais Molly Weasley interdit à Sirius de lui en dire davantage. Harry se rend ensuite à une audition devant le Magenmagot pour avoir violé le Décret sur la Restriction de l'usage de la magie par les sorciers de premier cycle. Il se rend donc au ministère, et y aperçoit la porte du Département des Mystères au bout d'un couloir. Harry est finalement acquitté grâce au témoignage de Mrs Figg, qui avait assisté à la scène, et au soutien d'Albus Dumbledore.
À la rentrée, les élèves découvrent leur nouveau professeur de défense contre les forces du mal, qui n'est autre que Dolores Ombrage, sous-secrétaire du ministre ! Son arrivée à Poudlard fait partie du plan de Fudge pour discréditer Dumbledore et l'empêcher d'agir. En effet, Ombrage refuse tout net de laisser ses élèves pratiquer la magie dans ses cours, ce qui révolte Hermione et Harry. Le ministère passe de plus en plus de décrets pour prendre les rênes de Poudlard. Ombrage est bientôt nommée Grande Inquisitrice de Poudlard, et procède à des inspections des différents professeurs. Elle a de très forts préjugés envers les hybrides, comme le demi-géant Hagrid, les centaures ou encore les loups-garous.
Hermione décide alors de mettre en place un club, nommé l'Armée de Dumbledore (AD) pour apprendre et surtout pratiquer la défense contre les forces du mal. Elle suggère que Harry soit leur professeur. D'abord énervé par cette idée, Harry finit par accepter. Une trentaine d'élèves se réunissent donc régulièrement dans la Salle sur Demande, une salle magique qui se transforme à volonté. Cependant le ministère, informé par un espion, passe immédiatement un nouveau décret pour interdire tout groupe ou organisation non-approuvé par Ombrage. Les membres de l'AD décident de continuer malgré tout.
Dans la moitié de ce cinquième tome d'Harry Potter, Arthur Weasley, le père de Ron, est attaqué par un serpent contrôlé par Voldemort. Au même moment, à Poudlard, Harry rêve qu'il est lui-même le serpent, et voit la scène à travers l'œil de ce dernier. Harry se sent un peu coupable d'avoir "été" le serpent, mais sa vision permet à l'Ordre de secourir Arthur. Cependant, au cours de cet évènement, Voldemort se rend compte qu'Harry peut facilement accéder à ses pensés (Voldemort possédait le serpent au moment de l'attaque, c'est pourquoi Harry voit à travers les yeux du serpent), et devine que le phénomène peut fonctionner dans le sens inverse.
Dès lors, Voldemort fait tout pour leurrer Harry et l'amener à se rendre dans le Hall des Prophéties situé dans le Département des Mystères au ministère. Il lui envoie ainsi des visions lors de ses rêves et essaie de le manipuler. Cependant, Dumbledore a deviné que Voldemort tenterait d'utiliser Harry. Il demande donc à Rogue de donner des cours d'Occlumancie à Harry, pour lui permettre de fermer son esprit et ainsi de rompre la connexion qui existe entre son esprit et celui du Seigneur des Ténèbres. Mais l'animosité de Harry envers Rogue, et la haine réciproque que ce dernier lui porte, font que Harry n'arrive jamais à maîtriser ses émotions et à fermer son esprit.
Vers la fin de l'année, l'un des membres de l'AD, Marietta Edgecombe, amie de Cho Chang, trahit le groupe et se confie à Ombrage. Harry et d'autres membres de l'AD sont capturés et interrogés en présence de Dumbledore qui se sert du nom du groupe pour porter le chapeau et permettre à Harry et aux autres de ne pas se faire expulser de Poudlard. Menacé, il doit alors s'enfuir pour ne pas être envoyé à Azkaban. Ombrage prend sa place et devient la directrice de Poudlard.
Lors des examens de fin d'année, alors qu'il passe sa BUSE (Brevet Universel de Sorcellerie Elémentaire) d'histoire de la magie, Harry a une vision. Il se voit pénétrer dans le Département des Mystères, puis dans le Hall des Prophéties, et croit y voir Sirius Black, torturé par Voldemort! Il tente aussitôt d'avertir l'Ordre, mais McGonagall est à l'hôpital Sainte Mangouste, touchée à la poitrine suite à un accident au cours de la tentative d'arrestation d'Hagrid par Ombrage. Et Dumbledore n'est plus là! Harry panique et en oublie que Rogue fait partie de l'Ordre. Il tente d'utiliser la cheminée d'Ombrage pour contacter Sirius dans la maison des Black, mais tombe sur Kreatur, l'elfe de la maison qui porte un amour infini à son ancienne maîtresse : la mère de Sirius, une véritable militante anti-moldus en son temps. Kreatur ment à Harry et lui affirme que Sirius n'est pas dans la maison.
Harry décide alors de se ruer au secours de Sirius, Ron, Hermione, Neville, Ginny et Luna décidant de l'accompagner. Mais comment aller au Ministère de la Magie? Harry trouve finalement un moyen de transport : le groupe de Sombrals qui tirent les carrosses entre la gare de Pré-au-lard et Poudlard. Invisibles aux yeux de ceux qui n'ont jamais vu la mort, les Sombrals sont des chevaux ailés à l'aspect reptilien et à l'air quelque peu inquiétant. Harry, qui a vu Cédric mourir, Luna qui a été témoin de la mort de sa mère et Neville qui a vu son grand-père mourir peuvent voir les Sombrals et aident les autres à les monter. Une fois au ministère, ils se rendent au Département des Mystères, puis dans le Hall des Prophéties. Mais il n'y a personne...
Neville repère alors sur une des nombreuses étagères une étiquette portant le nom de Harry, au-dessous d'une des innombrables sphères qui couvrent les étagères. Harry saisit alors la sphère et la déloge de son étagère. La voix de Lucius Malefoy résonne soudain dans la pénombre, des ombres s'avancent vers eux... Les Mangemorts émergent de l'obscurité, pointant leur baguette vers Harry et les autres. C'est alors que Harry apprend, de la bouche de Lucius Malefoy, que la sphère qu'il tient dans la main n'est rien d'autre que la Prophétie que Sybille Trelawney a faite plus de quinze ans auparavant à propos de Harry et de Voldemort, et qui a poussé Voldemort à essayer de tuer Harry. Cette prophétie est l'arme que Voldemort convoitait.
Harry, dans une manœuvre désespérée, tente de fuir et de sauver ses amis, mais les Mangemorts finissent par les mettre hors d'état de combattre. Harry et Neville restent seuls face à dix Mangemorts mais au moment où il tend la prophétie à Lucius Malefoy, Lupin, Sirius, Tonks, Shacklebolt et Maugrey font irruption dans la pièce et livrent bataille aux Mangemorts. Au cours de cette bataille, Bellatrix Lestrange fait basculer Sirius de l'autre côté du voile de la Mort. Dans le chaos général, la sphère finit par se briser, mais personne ne peut entendre le contenu de la prophétie dans le vacarme ambiant. Dumbledore arrive à temps pour neutraliser les Mangemorts mais Voldemort fait son apparition. Dumbledore sauve Harry et parvient à mettre en fuite Tom Jédusor qui emmène Bellatrix Lestrange avec lui.
De retour à Poudlard, Harry laisse éclater sa rage dans le bureau de Dumbledore. Celui-ci lui révèle alors le contenu de la prophétie, car c'est à lui que Trelawney a fait la prophétie:
« Celui qui a le pouvoir de vaincre le Seigneur des Ténèbres approche... il naîtra de ceux qui l'ont par trois fois défié, il sera né lorsque mourra le septième mois... et le Seigneur des Ténèbres le marquera comme son égal, mais il aura un pouvoir que le Seigneur des Ténèbres ignore... et l'un devra mourir de la main de l'autre car aucun ne peut vivre tant que l'autre survit... celui qui détient le pouvoir de vaincre le Seigneur des Ténèbres sera né lorsque mourra le septième mois ... »
Après les événements du ministère, Fudge reconnaît enfin le retour de Voldemort. Dumbledore retrouve son poste à Poudlard, et les Aurors se concentrent sur la lutte contre Voldemort... la deuxième guerre a commencé.
